La segunda elección del draft de 2006 era para Minnesota Timberwolves y el universitario elegido fue Brandon Roy. Se trataba de un escolta de 21 años que había comandado en anotación (20,2 puntos) a la universidad de Washington. Ese mismo día, era intercambiado por Randy Foye, que había sido seleccionado en séptima posición por los Celtics,que a su vez lo habían traspasado a Portland. El equipo de Oregón, que había seleccionado a LaMarcus Aldridge en segunda posición, juntaba a dos novatos con buenas perspectivas para la franquicia. También estaba por ahí el joven Sergio Rodríguez.
Roy comienza en el quinteto titular y anota 20 puntos en su debut NBA. Poco después se perdería 19 partidos para volver y demostrar su juego variado y anotador. En las votaciones del premio Novato del año recibió 127 votos de los 128 posibles. Sus promedios fueron de 16,8 puntos, 4,4 rebotes, 4 asistencias y 1,2 robos en 35,4 minutos.
Con el Novato del año y Aldridge, Blazers quería formar un equipo competitivo y contaba con el número 1 del siguiente draft, Greg Oden. El novato no pudo disputar ni un partido y Roy incrementó un poco sus estadísticas en puntos (19,1) y asistencias (5,8), además de asumir el liderazgo del equipo. Esta vez, el premio, disputar el All-Star.
Para su tercera temporada, 2008-2009, el equipo añadía a los novatos Nicolas Batum y Rudy Fernández, y un medio recuperado Oden. Rodeado de jóvenes con motivación, Roy desplegó su mejor repertorio anotador y tomó el protagonismo de los últimos lanzamientos. A Phoenix Suns le metió 52 puntos (19/21 T1, 9/20 T2, 5/7 T3) y a Washington Wizards les robó 10 balones, sus topes personales. Ganaron 54 partidos y él promedió 37,2 minutos, 22,6 puntos, 4,7 rebotes, 5,1 asistencias y 1,1 robos, con correctos porcentajes de lanzamiento, 82,4% T1, 50,1% T2, 37,7% T3. All-Star, segundo equipo All-NBA y noveno en las votaciones al MVP. Ya estaba entre los mejores de la competición, pero no pudieron pasar de primera ronda en sus primeros playoffs.
Perdiéndose 17 partidos (no pudo jugar el All-Star) y con Oden fuera de juego, las 50 victorias de la temporada siguiente eran aceptables. Con 21,5 puntos por partido entró en el tercer equipo All-NBA, pero nuevamente, el equipo no pasó de la primera serie.
Las rodillas le estaban causando muchas lesiones y las molestias no le dejaban realizar su juego rápido y directo al aro. Menos minutos de juego y alternando la titularidad con Wesley Matthews consiguió participar en 47 partidos (12,2 puntos, 27,9 minutos). El equipo contaba con el ahora máximo anotador Aldridge, Gerald Wallace y Andre Miller, pero la incógnita de Oden y las ausencias de Roy, se notaban. En postemporada se enfrentaban a uno de los favoritos, Dallas Mavericks. Con 1-2 en la serie, Roy tuvo su último buen partido. Con una diferencia de 18 puntos al inicio del último cuarto, Brandon cogió galones y ayudó a la remontada con 18 puntos, incluyendo la canasta ganadora. Empataron la serie y perdieron los dos siguientes partidos.
Tras unas pruebas, los médicos informaron que sufría una degeneración del cartílago en ambas rodillas, que provocaba que se chocaran los huesos y anunció la retirada.
«Es un día muy difícil y doloroso». «Amo el juego. Amo a los Portland Trail Blazers y amo a nuestros fanáticos, pero después de consultar con mis médicos, buscaré una determinación de que sufrí una lesión que pone fin a mi carrera, de conformidad con las reglas del acuerdo de negociación colectiva. Mi familia y mi salud son lo más importante para mí y, al final, esta decisión fue sobre ellos y mi calidad de vida».
Aún así, probó con un tratamiento de plasma rico en plaquetas en ambas rodillas que le mejoró y se vio listo para jugar un año y medio después. Vistió cinco partidos la equipación de Minnesota Timberwolves, el equipo que lo seleccionó en el Draft, y volvió la lesión de rodilla. Tuvo que dejar de jugar con 28 años.
«Mi último partido real fue cuando tenía 27 o 28 años. Y un par de veteranos, y no diré sus nombres, pero todos se acercaron a mí y me dijeron: ‘Oye, B, no importa si tienes 38 o 28 años, no es fácil alejarse de esto'», dijo a Slam en 2018. «Entonces, lo primero que tienes que hacer es entender que es normal sentirte así», reflexionaba. «Eso me ayudó mucho. Incluso el mejor jugador de todos los tiempos volvió de su retiro… ¡dos veces! Porque no es fácil abandonar esto».
En 2016, Roy comenzó a entrenar al equipo de baloncesto masculino de Nathan Hale High School de Seattle y logró un récord perfecto de 29-0, ganando un campeonato nacional durante la temporada 2016-17. Recibió el premio al Entrenador del Año de Naismith Boys High School. En la actualidad, entrena a Garfield High School.
«Era tan modesto con su juego», dijo Crawford sobre el juego de Roy. «… Y no tenía debilidades… Hace la jugada correcta todo el tiempo, y creo que es inteligente jugando. Por eso era una alegría verle. Solo un verdadero purista del baloncesto aprecia lo bueno que era.»